Un centro de salud factura a pacientes, a Fonasa, a tres isapres y a dos seguros complementarios. Paga a médicos con boleta de honorarios, a técnicos con contrato y a un laboratorio externo con factura. Compra insumos con IVA y presta servicios exentos. Pocas actividades mezclan tantos regímenes en un solo mes.
En Lynarys Contadores llevamos la contabilidad de clínicas, centros médicos, consultas dentales, laboratorios, centros de kinesiología y sociedades de profesionales de Ñuble. Entendemos cómo se cobra, cómo se paga y qué espera el SII de cada uno.
Lo que hace distinta la contabilidad de la salud
Dos regímenes conviven en una misma empresa. Las prestaciones de salud ambulatorias están exentas de IVA por el artículo 12 letra E número 20 de la Ley de IVA. Pero la venta de productos, el arriendo de box a otros profesionales o algunos servicios estéticos pueden estar afectos. Cuando hay ventas afectas y exentas, el crédito fiscal de IVA se usa en proporción, y ese prorrateo debe calcularse cada mes.
La figura societaria define el impuesto. Una sociedad de profesionales en segunda categoría no paga IVA ni impuesto de primera categoría: los socios tributan directo en el global complementario. Una SpA o una Ltda. en primera categoría tributa como cualquier empresa, con las ventajas del régimen Pro Pyme. Elegir mal cuesta años de impuesto innecesario o de fiscalizaciones.
Los convenios pagan con descuentos y plazos. Fonasa en modalidad libre elección, isapres con bonos y copagos, seguros complementarios con reembolso. Cada uno liquida con su propio formato y sus propios rechazos. Sin conciliación, los ingresos no cuadran con las prestaciones realizadas.
Los profesionales se pagan de muchas formas. Médicos a honorarios con porcentaje de la prestación, odontólogos socios con retiros, técnicos y administrativos con contrato de trabajo, personal de turno con jornada parcial. La retención de honorarios es del 15,25 % en 2026 y sube cada año.
Los equipos son inversión relevante. Sillones dentales, equipos de imagenología, autoclaves, software clínico. La depreciación acelerada o instantánea del régimen Pro Pyme puede reducir la base imponible el año de la compra.
Problemas típicos que nos llegan
- Una clínica dental que aplica IVA a todas sus prestaciones por desconocimiento, encareciendo su precio sin necesidad.
- Un centro médico que no aplica IVA a nada, incluida la venta de productos, y recibe una citación del SII.
- Sociedad de profesionales con un socio que no ejerce la profesión, lo que hace perder el régimen de segunda categoría.
- Pagos de isapres recibidos y no identificados: meses de ingresos “en tránsito” en la cuenta corriente.
- Médicos a honorarios con turnos fijos, horario y jefe directo, calificados como trabajadores por la Inspección del Trabajo con cobro de cotizaciones retroactivas.
- Retenciones de honorarios no enteradas en el F29, con multas e intereses.
- Retiros de socios registrados como gastos de la empresa.
- Equipos comprados con crédito del banco a nombre de un socio y no de la sociedad.
Normativa que controlamos
| Materia | Norma | Lo que revisamos |
|---|---|---|
| IVA en salud | Art. 12 letra E N° 20 Ley de IVA y Ley 21.420 | Prestaciones ambulatorias exentas, ventas afectas, prorrateo del crédito fiscal |
| Sociedades de profesionales | Art. 42 N° 2 Ley sobre Impuesto a la Renta | Requisitos de los socios, opción de tributar en primera categoría, gastos aceptados |
| Retención de honorarios | Ley 21.133 | 15,25 % en 2026, F29 mensual, DJ 1879 anual |
| Régimen Pro Pyme | Art. 14 letra D LIR | Depreciación instantánea de equipos, tasa reducida de primera categoría |
| Relación laboral encubierta | Art. 7 y 8 Código del Trabajo | Subordinación y dependencia en profesionales a honorarios |
| Jornada parcial y turnos | Arts. 40 bis y siguientes Código del Trabajo, Ley 21.561 | Turnos de fin de semana, jornadas de hasta 42 horas desde abril de 2026 |
| Cotización del empleador | Ley 21.735 | 3,5 % de cargo del empleador desde agosto de 2026 |
| Datos de pacientes | Ley 21.719 de protección de datos | Tratamiento de datos sensibles de salud y obligaciones del responsable |
Cómo lo resolvemos
1. Definimos la estructura correcta. Antes de cualquier registro, revisamos si tu actividad calza con una sociedad de profesionales, con una SpA en Pro Pyme o con una combinación. Si recién partes, lo armamos desde cero con creación de empresa.
2. Separamos ingresos afectos y exentos. El plan de cuentas distingue prestaciones de salud, venta de productos, arriendos y otros ingresos. Cada mes calculamos el prorrateo del crédito fiscal y el F29 sale limpio.
3. Conciliamos cada convenio. Liquidaciones de Fonasa, de cada isapre y de seguros complementarios contra el registro de prestaciones. Los rechazos y descuentos se identifican y se reclaman dentro de plazo.
4. Ordenamos la relación con los profesionales. Convenios de honorarios bien redactados cuando corresponde, contratos de trabajo cuando hay subordinación. Retenciones enteradas en el F29, certificados anuales y declaraciones juradas. Nómina del personal con contrato en remuneraciones.
5. Cerramos el año con los beneficios del sector. Depreciación de equipos, gastos de capacitación y perfeccionamiento, tratamiento de retiros. Todo en Operación Renta.
6. Planificamos el crecimiento. Apertura de una segunda sede, incorporación de nuevos socios, compra de equipamiento mayor. La asesoría tributaria evita que una buena decisión clínica sea una mala decisión fiscal.
Un caso de Ñuble
Ejemplo ilustrativo, con datos modificados para proteger la identidad del cliente.
Un centro odontológico de Chillán con cuatro sillones, dos socios odontólogos y seis profesionales a honorarios tributaba como SpA y aplicaba IVA a todas sus prestaciones. Los socios pensaban que era lo correcto después de la reforma de 2023.
Revisamos la operación completa. Las prestaciones dentales ambulatorias estaban exentas; solo la venta de productos de higiene y blanqueamiento domiciliario era afecta. Rectificamos los F29 de los períodos no prescritos para recuperar el IVA pagado en exceso sobre las prestaciones, y ajustamos el prorrateo del crédito fiscal. Además, dos de los seis profesionales a honorarios cumplían turnos fijos con horario asignado; propusimos contratos de trabajo a jornada parcial para esos casos y convenios de prestación claros para los demás.
El centro bajó el precio de sus prestaciones sin bajar su margen, regularizó su situación laboral antes de cualquier fiscalización y hoy recibe un informe mensual con ingresos por convenio y por profesional.
Conversemos sobre tu centro
Si tienes una clínica, un centro médico, una consulta dental o una sociedad de profesionales en Ñuble y quieres una contabilidad que distinga lo exento de lo afecto y lo laboral de lo civil, escríbenos. Numarys revisa tu caso sin costo en una primera reunión.
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